MOLEKÜLER BİYOLOJİ & GENETİK

Yaşamın kodunu
anlamak, geleceği
yeniden düşünmek.

Hücrelerin ve genlerin anlattığı hikâyeleri araştırıyoruz. Her keşif, daha iyi sorular sormak için yeni bir başlangıç.

Araştırmalarımızı keşfet ↗Laboratuvarımız hakkında ↗

MERAKTAN KEŞFE, BİLİMDEN YAŞAMA

FIG. 01MOLECULAR FORM

GENETIC MATERIAL MOLEKÜLER BİYOLOJİ

01 / 04

BİLİMİN YENİ OLASILIKLARI

ÖNE ÇIKAN ÇALIŞMALARGÜNCEL ARAŞTIRMALAR

Laboratuvarımızdan son bulgular

Tüm çalışmaları gör ↗

BİYOMOLEKÜLER YAPIİNTERAKTİF GÖRÜNTÜLEYİCİ

Döndürmek için sürükleyin · Yakınlaştırmak için tekerleği kullanın

Örnek Model Seçin:

veya PDB ID Girin (RCSB Canlı):

3D Görselleştirme Modu:

B-DNA Çift Sarmalı

Standart Watson-Crick B-form çift sarmal yapısı; genetik bilginin hücresel depolanmasını sağlayan temel nükleik asit organizasyonu.

FORMB-DNA

ÇAP~2.0 nm

EKSENSağ El Sarmal

ARAŞTIRMA FELSEFESİDEĞERLERİMİZ

⌬

Merakla Sor

Hücrelerin moleküler mekanizmalarını derinlemesine inceleyerek çözülmemiş biyolojik sırları keşfediyoruz.

⟲

Birlikte Araştır

Disiplinler arası yaklaşımla genetik, biyokimya ve veri bilimini birleştiriyoruz.

✳

Bilgiyi Paylaş

Açık bilim prensipleriyle tüm bulgularımızı insanlığın ve akademik dünyanın yararına sunuyoruz.

BİYOİNFORMATİK ARAÇLARDİZİ VE GC ANALİZİ

DNA / RNA Nükleotid Analizörü

Herhangi bir nükleotid dizisi girin, FASTA (.fasta) dosyası yükleyin veya doğrudan NCBI veritabanından gen sekansı çekin; uzunluk, GC/AT oranı, ters tamamlayıcı ve transkripsiyonu anında hesaplayın.

📂 FASTA Yükle

Hızlı İşlemler:

Dizi Uzunluğu 0 bp

GC İçeriği %0.0

AT İçeriği %0.0

Tahmini Tm (°C) 0 °C

Ters Tamamlayıcı (Reverse Complement 5'→3'): -

mRNA Transkripti (5'→3'): -

Öngörülen Protein / Amino Asit Dizisi (Peptit Translasyonu): -

İzoelektrik Nokta (pI) 0.00

Net Yük (@ pH 7.4) 0.0

Protein Kütlesi (Mw) 0.0 kDa

GRAVY (Hidrofobiklik) 0.00

Amino Asit Sınıfları Dağılımı:

● Asidik (D,E): %0 ● Bazik (K,R,H): %0 ● Apolar/Hidrofobik: %0 ● Polar/Yüksüz: %0

Protein Helisel Çark Projeksiyonu (18-AA α-Helis Çarkı & Amfipatiklik)

Çevrilen proteinin ilk 18 amino asidini 100° dönüş açılı alfa-helis projeksiyonunda (Schiffer-Edmundson çarkı) göstererek amfipatik yüzeyleri ve hidrofobik momentini modeller.

Hidrofobik (A,V,L,I,P,W,F,M)

Polar / Nötr (G,S,T,C,Y,N,Q)

Pozitif / Bazik (K,R,H)

Negatif / Asidik (D,E)

Amfipatik Durum: Dengeli / Karışık

Eisenberg Hidrofobik Moment (⟨μ_H⟩): 0.380 Globüler Amfipatik Helis

Protein Net Yük & Titrasyon Eğrisi Simülatörü (Henderson-Hasselbalch vs. pH)

pH 1.0 ile 14.0 arasında polipeptidin iyonlaşabilir gruplarının net yük değişimini (q), izoelektrik noktasını (pI) ve iyon değişim kromatografisi (IEX) saflaştırma pencerelerini modeller.

Protein Translasyon Sonrası Modifikasyon (PTM) Konsensüs Motifi Tarayıcı

Çevrilen polipeptit dizisinde hücresel sinyal iletimi ve protein olgunlaşması için kritik fosforilasyon (PKA, PKC, CK2, Tirozin Kinaz) ve N-glikozilasyon konsensüs motiflerini tespit eder.

Protein İkincil Yapı Tahmin Edici (Chou-Fasman Algoritması)

Chou & Fasman amino asit konformasyonel parametrelerine (P_α, P_β, P_turn) göre çevrilen protein polipeptidinde alfa-helis (H), beta-tabaka (E) ve döngü/düzensiz (C) oranlarını ve kalıntı haritasını modeller.

Protein Çözünürlük & Rekombinant Ekspresyon İndeksi (Wilkinson-Harrison)

E. coli ve heterolog ekspresyon sistemlerinde polipeptidin net yük ve turn fraksiyonuna göre (Wilkinson-Harrison istatistiksel modeli) sitoplazmik çözünürlük olasılığını (P_sol %) ve inklüzyon cisimciği oluşma riskini modeller.

Protein Proteaz Kesim Haritası & Peptit Kütle Parmak İzi (In Silico PMF / MS)

Proteomik ve MALDI-TOF / LC-MS/MS analizleri için polipeptidi Tripsin, Kimotripsin veya Pepsin ile in silico keserek monoisotopik peptit öncü iyon kütlelerini ([M+H]⁺ Da) hesaplar.

Sindirim Enzimi (Proteaz): İzin Verilen Hatalı/Atlanmış Kesim (Missed Cleavages):

Protein Transmembran Helis & Hidropati Segment Tahmin Edici (Kyte-Doolittle TM)

19-AA kayan pencere (sliding window) ve Kyte-Doolittle hidropati ölçeği ile lipit çift tabakasını kat eden transmembran (TM) alfa-helis bölgelerini (hidrofobiklik skoru ≥ 1.60) ve membran topolojisini tespit eder.

Protein B-Faktörü & Antijenik B-Hücre Epitopu Tahmin Edici

Karplus-Schulz omurga esneklik profili (B-faktörü) ve Kolaskar-Tongaonkar antijenik indeksi (7-AA kayan pencere) ile monoklonal antikor ve peptit aşı adayı yüzey B-hücre epitoplarını modeller.

Protein Sinyal Peptit & Salgılama Bölgesi Tahmin Edici (Sec/SPI)

N-terminal üçlü mimari (pozitif n-bölgesi, hidrofobik h-çekirdeği ve von Heijne -3,-1 SPase I kesim motifi: [AXG].[AXG]) ile proteinin hücre dışına salgılanma durumunu ve kesim bölgesini modeller.

İnteraktif Genetik Kod / Kodon Tablosu Arayıcı

İki Nükleotid Dizisini Karşılaştır (Lokal/Global Hizalama)

Referans Dizi (Dizi 1): Sorgu Dizi (Dizi 2):

Eşleşme Oranı (Identity): %0.0 Eşleşen Baz: 0 / 0 Mutasyon/Fark: 0

Renkli Nükleotid Diff Görünümü (Mutasyon Haritası):

Tespit Edilen Mutasyon / Varyant Tablosu (SNP & InDel):

Çoklu Sekans Hizalama (Multiple Sequence Alignment - MSA)

3 veya daha fazla DNA/Protein dizisini (FASTA formatında) korunan konsensüs bölgeleri ve polimorfizmleri saptamak için aşamalı profille hizalar.

Hizalanan Dizi: 3 Konsensüs Oranı: %93.8

In Silico Mutagenez & Sentetik Dizi Simülatörü

Girdi dizisine rastgele nokta mutasyonları (Transisyon/Transversiyon) ve indeller ekleyerek sentetik mutant kütüphaneleri simüle eder.

Mutasyon Oranı (%): Hedef Dizi Uzunluğu:

Oluşan Mutasyon Sayısı: 0 Orijinal Diziyle Benzerlik: %100

DNA Hasar Tipi & Hücresel Onarım Yolağı (BER, NER, MMR, HR/NHEJ) Analizörü

DNA lezyon tipine (UV timin dimeri, 8-oksoG oksidasyonu, replikasyon eşleşme hatası, alkilasyon veya çift zincir kırığı) göre aktifleşen hücresel onarım mekanizmasını ve enzim komplekslerini modeller.

DNA Hasar / Lezyon Türü: Hücre Döngüsü Evresi:

PCR Primer Tasarımcısı & Termodinamik Tm Hesaplayıcı

Girilen hedef gen dizisi için 18-22 bp uzunluğunda optimal Forward ve Reverse PCR primer çiftlerini tasarlar.

Hedef DNA Şablonu (5'→3'):

PCR Termal Döngü Simülatörü (3 Aşamalı Amplifikasyon)

95°C Denatürasyon

DNA çift zinciri ayrılır (30 sn)

55°C Bağlanma (Annealing)

Primerler şablona bağlanır (30 sn)

72°C Uzama (Extension)

Taq Polimeraz sentezi (1 dk/kb)

Mevcut Durum: Beklemede Teorik Kopya Sayısı: 1 kopya (2⁰)

qPCR Erime Eğrisi (Dissociation Curve - -dF/dT) Analizi

SYBR Green tabanlı gerçek zamanlı PCR amplikonunun özgüllüğü, primer dimer varlığı ve erime tepe noktası (Tm Peak) profilini simüle eder.

Amplikon Tepe Tm: 84.5°C (Spesifik Tek Pik) Primer Dimer: Saptanmadı (Temiz)

DNA Dupleks Termodinamik Kararlılık & Gibbs Serbest Enerjisi (ΔG° / Nearest-Neighbor)

SantaLucia (1998) en yakın komşu (Nearest-Neighbor) dinükleotid parametreleri ve monovalan tuz düzeltmesiyle oligo dupleksinin entalpi (ΔH°), entropi (ΔS°), fizyolojik serbest Gibbs enerjisi (ΔG°₃₇) ve termodinamik Tm değerini hesaplar.

Hedef Oligonükleotid Dizisi (5'→3'): Monovalan Tuz ([Na⁺] - mM): Oligo Derişimi (Ct - µM):

Sanger Dizileme Elektroferogram / Kromatogram Görselleştiricisi

Kapiler elektroforez ve floresan ddNTP tabanlı 4 renkli Sanger dizileme pik profili (A=Yeşil, C=Mavi, G=Siyah, T=Kırmızı) ve kalite (Phred Q) skorları.

● A (Adenin - Yeşil) ● C (Sitozin - Mavi) ● G (Guanin - Siyah) ● T (Timin - Kırmızı)

Dizileme Kalite Skoru & FASTQ ASCII Kod Çözücü (Phred Q Score)

Sanger veya Yeni Nesil Dizileme (NGS) taban çağırma (base calling) hata olasılığını (P = 10^(-Q/10)), doğruluk yüzdesini ve FASTQ Phred+33 ASCII kalite dizisini analiz eder.

Tekil Phred Skoru (Q): FASTQ Kalite Karakter Dizisi (Phred+33 ASCII):

Restriksiyon Enzimi Kesim Haritası & Sanal Agaroz Jel Simülatörü

Seçilen restriksiyon endonükleazları (EcoRI, BamHI, HindIII vb.) ile DNA dizinizi sanal olarak kesin ve elektroforez jel bantlarını canlı simüle edin.

Kullanılacak Enzim: Agaroz Jel Konsantrasyonu (% w/v): Hedef Plazmit / DNA Dizisi:

Bant Göç Mesafesi ile Boyut Tahmini (Rf - Retardasyon Faktörü)

Jeldeki bir bandın kuyudan olan göç mesafesini (mm) veya oransal Rf değerini girerek standart ladder eğrisinden bilinmeyen DNA/Protein fragmanının boyutunu (bp / kDa) hesaplar.

Ölçülen Bant Göç Mesafesi (mm): Jel Boya Cephesi Mesafesi (Dye Front - mm):

2D Jel Elektroforezi Simülatörü (1. Boyut: IEF pH 3-10, 2. Boyut: SDS-PAGE)

Proteomik araştırmalar için çevrilen proteinin pI ve kDa değerini 1. boyut izoelektrik odaklama (IEF pH 3.0-10.0) ve 2. boyut SDS-PAGE (10-200 kDa) kartezyen koordinatlarında simüle eder.

● Hedef Protein Spotu (Çevrilen Polipeptit) ○ Referans Proteom Spotları (BSA, Aktin, GAPDH, CA, Sitokrom c)

Western Blot / SDS-PAGE Protein Bant Densitometri Analizörü

Yükleme kontrolü (Loading Control: GAPDH / β-Aktin / Tübülin) optik yoğunluğuna göre hedef protein ekspresyonunun nispi kat değişimini normalleştirir.

Kontrol - Hedef Protein Yoğunluğu (AU): Kontrol - Yükleme Kontrolü (GAPDH / Aktin): Muamele - Hedef Protein Yoğunluğu (AU): Muamele - Yükleme Kontrolü (GAPDH / Aktin):

SDS-PAGE & Western Blot Örnek Yükleme Tamponu (Laemmli Miksi) Hesaplayıcı

Jel kuyusuna yüklenecek hedef protein miktarına göre (µg), konsantre Laemmli SDS tamponu (4x / 5x / 6x), indirgeyici ajan (β-ME / DTT) ve su tamamlama pipetleme reçetesini hesaplar.

Hedef Protein Kütlesi (µg): Numune Konsantrasyonu (µg/µL): Hedef Toplam Yükleme Hacmi (µL): Stok Laemmli Tamponu:

Ko-İmmünopresipitasyon (Co-IP) & Protein A/G Boncuk Hesaplayıcı

Protein-protein etkileşimleri (PPI) ve immünopresipitasyon için hücre lizatı hacmini, Manyetik/Agaroz Protein A/G boncuk miktarını ve elüsyon adımlarını hesaplar.

Lizat Konsantrasyonu (mg/mL): Hedef Protein Kütlesi (µg): Primer Antikor (µg): Boncuk Tipi:

Enzim Kinetiği (Michaelis-Menten & Lineweaver-Burk) Analizörü

Farklı substrat konsantrasyonlarındaki ([S]) başlangıç reaksiyon hızlarına (v₀) göre Michaelis sabiti (K_m), maksimum hız (V_max), devir sayısı (k_cat) ve katalitik verimliliği (k_cat/K_m) hesaplar ve Lineweaver-Burk grafiğini çizer.

V_max (µmol/dk·mg): K_m Substrat Afinitesi (µM): Enzim Konsantrasyonu [E]_t (nM): Test Substrat Derişimi [S] (µM):

Restriksiyon Enzim Kataloğu & Klonlama Stratejisi Sihirbazı (Cloning Planner)

Yönlü moleküler klonlama için 5' ve 3' restriksiyon enzim çiftlerini seçin; kesim uçları (Yapışkan / Küt), ısıl inaktivasyon ve çift kesim (Double Digest) tampon uyumunu anında denetleyin.

5' Klonlama Enzimi: 3' Klonlama Enzimi:

Bakteriyel Transformasyon Verimi Hesaplayıcı (CFU / µg DNA)

Yetkin hücreler (Competent E. coli: DH5α, BL21) ve plazmit DNA için kurtarma ve ekim hacimlerine göre transformasyon verimliliğini (CFU/µg) hesaplar.

Sayılan Koloni Sayısı (CFU): Kullanılan Plazmit DNA (ng): Kurtarma Hacmi (SOC/LB - µL): Petriye Ekilen Hacim (µL):

Seri Seyreltme & Koloni Sayımı Hesaplayıcı (Bakteriyel Titre CFU / mL)

10 katlı seri seyreltme basamaklarında (10⁻¹ - 10⁻⁸) sayılan agar koloni sayısına ve ekim hacmine göre orijinal mikrobiyal süspansiyon titresini (CFU/mL) ve istatistiksel geçerlilik aralığını (30-300 koloni) hesaplar.

Sayılan Koloni Sayısı (CFU): Seyreltme Basamağı (Dilution Factor): Plakaya Ekilen Hacim (µL):

Moleküler Klonlama DNA Ligasyon Oranı Hesaplayıcı (T4 Ligase Mix)

Vektör ve insert boyutlarına göre hedeflenen molar oranda (1:1, 3:1, 5:1) reaksiyona eklenecek DNA kütlelerini (ng) ve T4 Ligaz pipetleme protokolünü hesaplar.

Vektör Boyutu (bp): Kullanılacak Vektör Kütlesi (ng): İnsert / Hedef Gen Boyutu (bp): Molar Oran (İnsert : Vektör):

Dairesel Plazmit DNA Haritası (Plasmid Map Generator)

Vektör Şablonu:

Laboratuvarda yaygın kullanılan genetik klonlama vektörlerinin promotor, direnç geni (AmpR/KanR), MCS ve replikasyon orijinlerini (Ori) dairesel harita üzerinde interaktif görüntüleyin.

Özellik Seçin

Plazmit halkası üzerindeki renkli gen bölgelerine tıklayarak veya üzerine gelerek konum ve işlev detaylarını inceleyebilirsiniz.

Vektör Boyutu: 2,686 bp

Seçim İşaretçisi: Ampisilin (AmpR)

CRISPR-Cas9 sgRNA Hedef Arayıcı (PAM: NGG Tarayıcı)

Hedef genomik DNA dizisindeki SpCas9 PAM dizilerini (5'-NGG-3') tarar ve 20 nükleotidlik potansiyel kılavuz RNA (sgRNA) hedeflerini listeler.

Hedef Gen Dizisi (Sense veya Antisense):

Hsu-Zhang Modeli ile Off-Target ve Dizi Uyumsuzluk Toleransı

Seçilen 20-nt protospacer ile potansiyel hedef dışı (off-target) dizinin çekirdek/seed bölgesindeki (PAM'e yakın 1-12. bazlar) mutasyon toleransını ve kesim olasılığını hesaplar.

Orijinal sgRNA (20-nt): Hedef Dışı Genom Bölgesi (20-nt):

CRISPR-Cas12a (Cpf1: 5'-TTTV-3' PAM) Kılavuz crRNA Arayıcı

AT zengin genomik bölgeler için AsCas12a / LbCas12a PAM dizilerini (5'-TTTV-3', V=A/C/G) tarar; 23-nt protospacer dizilerini ve 5' yapışkan çıkıntılı (staggered overhang) kesim profillerini listeler.

Kodon Kullanım Eğilimi & Nadir Kodon Analizörü (Codon Usage Bias / CAI)

Rekombinant protein ekspresyonunda seçilen konakçıda (E. coli, Maya, İnsan) translasyonel duraklamaya (translational stalling) yol açabilecek nadir kodonları (rare codons) tespit eder ve Kodon Adaptasyon İndeksi (CAI) skorunu hesaplar.

Ekspresyon Konakçısı (Host Organism): Kodlayan DNA Dizisi (CDS / 5'→3'):

Laboratuvar Çözelti & Molarite Hesaplayıcı (Solution Calculator)

İstenen derişim (M, mM, µM) ve hacim (L, mL) için tartılması gereken kimyasal madde kütlesini (g, mg) formülle (m = M × V × Mw) hesaplar.

Moleküler Ağırlık (Mw - g/mol): Hedef Derişim:

Hedef Hacim:

Oligo / Primer Seyreltme & Yeniden Süspansiyon (C₁V₁ = C₂V₂)

Liyofilize oligoları 100 µM stok konsantrasyona getirmek veya stoktan 10 µM çalışma çözeltisi hazırlamak için eklenecek TE tamponu veya nükleazsız su miktarını hesaplar.

Liyofilize Oligo Miktarı (nmol): Hedef Stok Konsantrasyon (µM): Çalışma Seyreltmesi İstenen Hacim (V₂ - µL):

DNA Kopya Sayısı & Avogadro Kütle-Mol Hesaplayıcı (Copy Number)

DNA kütlesi (ng) ve parça uzunluğuna (bp) göre Avogadro sabitiyle (6.022×10²³) mutlak molekül kopya sayısını, mol miktarını (fmol) ve standart eğri için gereken kütleyi hesaplar.

DNA Şablon Kütlesi (ng): DNA / Plazmit Uzunluğu (bp): DNA Tipi:

Genetik Varyant & Allel Frekansı Hesaplayıcı (NGS / Sanger VAF)

Yeni nesil dizileme (NGS) veya dijital PCR okumalarında referans ve mutant okuma sayılarına göre Varyant Allel Frekansı (VAF %) ve zigosite durumunu (Heterozigot / Homozigot) hesaplar.

Referans Okuma Sayısı (Ref Depth): Mutant / Alternatif Okuma Sayısı (Alt Depth): Toplam Kapsama (Total Depth):

Trinükleotid Tekrar Genişlemesi & Mikrosatellit Hastalıkları Analizörü

Huntington (CAG), Frajil X (CGG), Friedreich Ataksisi (GAA) ve Miyotonik Distrofi (CTG) lokuslarındaki tekrar kopya sayısına göre penetrans, premutasyon ve klinik patoloji durumunu sınıflandırır.

Hastalık / Hedef Gen Locusu: Ölçülen Tekrar Sayısı (Repeat Units):

Genomik Splice Bölgesi & Kriptik Ekson-İntron Sınır Tarayıcısı

Pre-mRNA ve genomik DNA dizilerinde 5' Donör (GT konsensüsü: [CA]AG|GT[AG]AGT) ve 3' Akseptör (AG konsensüsü: [CT]ₙNCAG|G) uçbirleştirme sınırlarını ve kriptik splice mutasyon riskini analiz eder.

Genomik / Pre-mRNA Dizisi (5'→3'):

Santrifüj Hız & Yerçekimi İvmesi Dönüştürücü (RPM ↔ RCF / g)

Rotor yarıçapı (r cm) üzerinden santrifüj devir hızı (RPM) ile bağıl merkezkaç kuvveti (RCF × g) arasında iki yönlü kesin dönüşüm yapar (RCF = 1.118 × 10⁻⁵ × r × RPM²).

Rotor Yarıçapı (r - cm): Devir Hızı (RPM): Hesaplanan Merkezkaç Kuvveti (RCF × g):

Biyobank & Derin Dondurucu (-80°C / LN2) Örnek Matrisi (9×9 Cryobox)

9x9 (81 yuvalı) standart kriyojenik kutu matrisi üzerinde örneklerin yerleşimini (A1-I9), hücre hatlarını ve doluluk oranını canlı izleyin.

Slot Detayı: A1

Örnek: p53-WT Hücre Hattı (HeLa)

Tip: Hücre Hattı (Cryo)

Dondurma Tarihi: 12.01.2026

Sıcaklık: -80°C / Sıvı Azot

Nanodrop Spektrofotometre Konsantrasyon & Saflık Analizörü (A₂₆₀ / A₂₈₀ & A₂₆₀ / A₂₃₀)

UV-Vis absorbans değerlerine göre nükleik asit derişimini (ng/µL) ve protein (A₂₆₀/A₂₈₀) ile tuz/fenol (A₂₆₀/A₂₃₀) saflık oranlarını Beer-Lambert formülüyle analiz eder.

Nükleik Asit Türü: A₂₆₀ Absorbansı: A₂₈₀ Absorbansı: A₂₃₀ Absorbansı:

Hücre & Bakteri Büyüme Kinetiği (İkiye Katlanma Süresi - Doubling Time)

İki farklı zaman noktasındaki optik yoğunluk (OD₆₀₀) veya hücre sayısı ölçümlerine göre üssel büyüme hızı katsayısını (μ) ve populasyonun ikiye katlanma süresini (t_d) hesaplar.

Başlangıç Değeri (OD₁ veya Hücre/mL): Son Değer (OD₂ veya Hücre/mL): Geçen Süre (Δt - Saat):

Akım Sitometrisi (FACS / Flow Cytometry) Spektral Örtüşme & Kompansasyon Matrisi

Çok renkli immünofenotipleme panellerinde florokromların (FITC, PE, PerCP, APC, BV421) dedektör filtrelerindeki emisyon yayılmasını (Spillover) ve gerekli kompansasyon çıkarım yüzdesini hesaplar.

Birincil Florokrom (Florofor 1): İkincil Florokrom (Florofor 2):

Kriyoprotektan & Hücre Dondurma Medyumu Hesaplayıcı (DMSO / FBS Freezing Media)

Memeli hücre hatlarının -196°C sıvı azot arşivlenmesinde buz kristali hasarını önlemek için DMSO kriyoprotektan ve FBS oranlarına göre dondurma medyumu pipetleme hacimlerini hesaplar.

Kriyotüp Sayısı (Vial): Tüp Başına Hacim (mL): Formülasyon Stratejisi:

Hücre Kültürü DNA Transfeksiyon Miks Hesaplayıcı (Lipofectamine / PEI)

Memeli hücre kültüründe plaka formatına (6-well, 24-well, 10 cm petri) ve kuyu sayısına göre plazmit DNA, transfeksiyon reaktifi (Lipofectamine / PEI) ve Opti-MEM kompleksleşme hacimlerini hesaplar.

Kültür Plakası / Kabı Formatı: Kuyu / Kap Sayısı: DNA Stok Derişimi (ng/µL): Reaktif Oranı (µL Reaktif : µg DNA):

Laboratuvar Biyogüvenlik (BSL-1/2) & Kimyasal Atık Bertaraf Matrisi

Moleküler biyoloji laboratuvarında çalışılan tehlikeli kimyasallar ve organizmalar için piktogramlar, uygun kişisel koruyucu donanım (KKD) ve atık ayrıştırma yönergeleri.

Genomik CpG Adaları & GC Kayması (GC Skew) Analizörü

Genomik promotör ve transkripsiyon başlangıç bölgelerini saptamak için Gardiner-Frommer kriterleriyle (Obs/Exp > 0.6, GC > 50%) CpG adalarını ve replikasyon yönü GC kaymasını ((G-C)/(G+C)) haritalar.

Hedef Promotor / Genomik Sekans (5'→3'):

Genomik GC/AT İzokor & DNA Yoğunluk Analizörü (Bernardi & CsCl Yoğunluğu)

Bernardi genomik izokor sınıflarına (L1, L2, H1, H2, H3) ve Schildkraut CsCl (Sezyum klorür) kaldırma yoğunluğuna (ρ = 1.660 + 0.098×GC g/cm³) göre DNA segmentinin kromatin yapısını ve gen yoğunluğunu modeller.

Hedef Genomik DNA Dizisi (5'→3'):

Genomik GC İçeriği & Erime Sıcaklığı (Tm) Kayan Pencere Profili

20 bp kayan pencere (sliding window) ile nükleotid dizisi boyunca yerel GC yüzdesi dalgalanmalarını ve termal DNA erime profili (Tm °C) vadilerini Canvas üzerinde haritalar.

Açık Okuma Çerçevesi (ORF Finder - 6 Çerçeveli Analiz)

DNA dizisinde sense (+1, +2, +3) ve antisense (-1, -2, -3) zincirlerindeki ATG başlangıç ve STOP (TAA/TAG/TGA) kodonları arasındaki potansiyel kodlayan peptit bölgelerini haritalar.

Minimum Kodon Boyutu: Başlangıç Kodonu:

qPCR Bağıl Gen İfadesi Analizörü (Livak 2^-ΔΔCt Yöntemi)

Referans/housekeeping geni (GAPDH, ACTB) ve hedef gen için kontrol vs muamele gruplarının Ct döngü eşik değerlerini kıyaslayarak bağıl ekspresyon kat değişimini hesaplar.

Kontrol - Hedef Gen Ct: Kontrol - Referans Gen Ct: Muamele - Hedef Gen Ct: Muamele - Referans Gen Ct:

qPCR Mutlak Kopya Sayısı & Standart Eğri Analizörü (Absolute Quantification)

Seri seyreltme standart eğrisi (C_T = m × log₁₀(Kopya) + b) üzerinden PCR amplifikasyon verimini (E %) ve bilinmeyen numunenin mutlak hedef gen/viral yük kopya sayısını hesaplar.

Standart Eğri Eğimi (m - Slope): Y-Kesişimi (b - Intercept): Bilinmeyen Numune Ct Eşiği: Şablon / Reaksiyon Hacmi (µL):

RNA İkincil Yapı & Firkete Katlanma Analizörü (Stem-Loop / ΔG)

Zuker & Nussinov termodinamik serbest enerji prensibiyle RNA molekülündeki eşleşen gövde (stem) ve ilmek (loop) ikincil yapılarını ve minimum serbest enerjiyi (ΔG kcal/mol) hesaplar.

Hedef RNA Dizisi (5'→3'):

Genetik Soyağacı & Kalıtım Deseni Simülatörü (Pedigree Tree)

Mendelyen kalıtım modellerine göre 3 kuşaklık aile soyağacını (Pedigree), etkilenen/sağlıklı/taşıyıcı bireyleri ve risk oranlarını interaktif SVG üzerinde görselleştirir.

□ Sağlıklı Erkek ■ Etkilenen Erkek ○ Sağlıklı Dişi ● Etkilenen Dişi ◐ Taşıyıcı Dişi

Hardy-Weinberg Dengesi & Popülasyon Genetiği Test Edici (HWE χ² Testi)

Popülasyonda gözlenen genotip sayılarına (AA, Aa, aa) göre alel frekanslarını (p, q), beklenen genotip frekanslarını (p², 2pq, q²), inbreeding katsayısını (F) ve Pearson ki-kare (χ²) uyum iyiliği p-değerini hesaplar.

Gözlenen Homozigot Ref (AA): Gözlenen Heterozigot (Aa): Gözlenen Homozigot Alt (aa):

Genetik Çeşitlilik & Polimorfizm Bilgi İçeriği Hesaplayıcı (PIC / He)

Mikrosatellit (STR/SSR), SNP veya RFLP moleküler markörleri için alel frekanslarına göre Botstein et al. Polimorfizm Bilgi İçeriği (PIC), beklenen heterozigotluk (He) ve etkili alel sayısını (Ne) hesaplar.

Alel Frekansları (Virgülle veya boşlukla ayırın, örn: 0.45, 0.30, 0.15, 0.10):

Genetik Bağlantı Dengesizliği Analizörü (Linkage Disequilibrium - D, D', r²)

İki çift-alelli genetik lokus (Lokus 1: A/a, Lokus 2: B/b) arasındaki gamet/haplotip frekanslarına göre ham bağlantı dengesizliğini (D), normalize Lewontin D' katsayısını ve Pearson r² korelasyonunu hesaplar.

Haplotip p_AB (Gamet A-B): Haplotip p_Ab (Gamet A-b): Haplotip p_aB (Gamet a-B): Haplotip p_ab (Gamet a-b):

Yaşamın kodunuanlamak, geleceğiyeniden düşünmek.