Merakla Sor
Hücrelerin moleküler mekanizmalarını derinlemesine inceleyerek çözülmemiş biyolojik sırları keşfediyoruz.
MOLEKÜLER BİYOLOJİ & GENETİK
Yaşamın kodunu
anlamak, geleceği
yeniden düşünmek.
Hücrelerin ve genlerin anlattığı hikâyeleri araştırıyoruz. Her keşif, daha iyi sorular sormak için yeni bir başlangıç.
MERAKTAN KEŞFE, BİLİMDEN YAŞAMA
FIG. 01MOLECULAR FORM
GENETIC MATERIAL MOLEKÜLER BİYOLOJİ
01 / 04
BİLİMİN YENİ OLASILIKLARI
ÖNE ÇIKAN ÇALIŞMALARGÜNCEL ARAŞTIRMALAR
Laboratuvarımızdan son bulgular
Tüm çalışmaları gör ↗BİYOMOLEKÜLER YAPIİNTERAKTİF GÖRÜNTÜLEYİCİ
B-DNA Çift Sarmalı
Standart Watson-Crick B-form çift sarmal yapısı; genetik bilginin hücresel depolanmasını sağlayan temel nükleik asit organizasyonu.
FORMB-DNA
ÇAP~2.0 nm
EKSENSağ El Sarmal
BİYOİNFORMATİK ARAÇLARDİZİ VE GC ANALİZİ
DNA / RNA Nükleotid Analizörü
Herhangi bir nükleotid dizisi girin, FASTA (.fasta) dosyası yükleyin veya doğrudan NCBI veritabanından gen sekansı çekin; uzunluk, GC/AT oranı, ters tamamlayıcı ve transkripsiyonu anında hesaplayın.
Hızlı İşlemler:
Dizi Uzunluğu
0 bp
GC İçeriği
%0.0
AT İçeriği
%0.0
Tahmini Tm (°C)
0 °C
Ters Tamamlayıcı (Reverse Complement 5'→3'):
-
mRNA Transkripti (5'→3'):
-
Öngörülen Protein / Amino Asit Dizisi (Peptit Translasyonu):
-
İzoelektrik Nokta (pI)
0.00
Net Yük (@ pH 7.4)
0.0
Protein Kütlesi (Mw)
0.0 kDa
GRAVY (Hidrofobiklik)
0.00
Amino Asit Sınıfları Dağılımı:
● Asidik (D,E): %0
● Bazik (K,R,H): %0
● Apolar/Hidrofobik: %0
● Polar/Yüksüz: %0
Protein Helisel Çark Projeksiyonu (18-AA α-Helis Çarkı & Amfipatiklik)
Çevrilen proteinin ilk 18 amino asidini 100° dönüş açılı alfa-helis projeksiyonunda (Schiffer-Edmundson çarkı) göstererek amfipatik yüzeyleri ve hidrofobik momentini modeller.
Hidrofobik (A,V,L,I,P,W,F,M)
Polar / Nötr (G,S,T,C,Y,N,Q)
Pozitif / Bazik (K,R,H)
Negatif / Asidik (D,E)
Amfipatik Durum: Dengeli / Karışık
Eisenberg Hidrofobik Moment (⟨μ_H⟩): 0.380
Globüler Amfipatik Helis
Protein Net Yük & Titrasyon Eğrisi Simülatörü (Henderson-Hasselbalch vs. pH)
pH 1.0 ile 14.0 arasında polipeptidin iyonlaşabilir gruplarının net yük değişimini (q), izoelektrik noktasını (pI) ve iyon değişim kromatografisi (IEX) saflaştırma pencerelerini modeller.
Protein Translasyon Sonrası Modifikasyon (PTM) Konsensüs Motifi Tarayıcı
Çevrilen polipeptit dizisinde hücresel sinyal iletimi ve protein olgunlaşması için kritik fosforilasyon (PKA, PKC, CK2, Tirozin Kinaz) ve N-glikozilasyon konsensüs motiflerini tespit eder.
Toplam PTM Adayı: 0
Fosforilasyon Bölgeleri: 0
N-Glikozilasyon (Asn): 0
Protein İkincil Yapı Tahmin Edici (Chou-Fasman Algoritması)
Chou & Fasman amino asit konformasyonel parametrelerine (P_α, P_β, P_turn) göre çevrilen protein polipeptidinde alfa-helis (H), beta-tabaka (E) ve döngü/düzensiz (C) oranlarını ve kalıntı haritasını modeller.
Alfa-Helis (H): %0.0
Beta-Tabaka (E): %0.0
Döngü / Rastgele (C): %0.0
Baskın Yapı: Alfa-Helis Ağırlıklı
Protein Çözünürlük & Rekombinant Ekspresyon İndeksi (Wilkinson-Harrison)
E. coli ve heterolog ekspresyon sistemlerinde polipeptidin net yük ve turn fraksiyonuna göre (Wilkinson-Harrison istatistiksel modeli) sitoplazmik çözünürlük olasılığını (P_sol %) ve inklüzyon cisimciği oluşma riskini modeller.
Çözünürlük Olasılığı (P_sol): %74.2
Net Yük Oranı: 0.082
Turn / Döngü Fraksiyonu: 0.245
Ekspresyon Tahmini: Çözünür (Soluble Fraksiyon)
Protein Proteaz Kesim Haritası & Peptit Kütle Parmak İzi (In Silico PMF / MS)
Proteomik ve MALDI-TOF / LC-MS/MS analizleri için polipeptidi Tripsin, Kimotripsin veya Pepsin ile in silico keserek monoisotopik peptit öncü iyon kütlelerini ([M+H]⁺ Da) hesaplar.
Toplam Peptit Sayısı: 0
Kütle Spektrometri Aralığı: 500 - 3,500 Da
MS Uygunluk: Optimum Kütle Dağılımı
Protein Transmembran Helis & Hidropati Segment Tahmin Edici (Kyte-Doolittle TM)
19-AA kayan pencere (sliding window) ve Kyte-Doolittle hidropati ölçeği ile lipit çift tabakasını kat eden transmembran (TM) alfa-helis bölgelerini (hidrofobiklik skoru ≥ 1.60) ve membran topolojisini tespit eder.
TM Segment Sayısı: 0
Maksimum Hidrofobiklik: 0.00
Tahmini Topoloji: Suda Çözünür Globüler Protein
Protein B-Faktörü & Antijenik B-Hücre Epitopu Tahmin Edici
Karplus-Schulz omurga esneklik profili (B-faktörü) ve Kolaskar-Tongaonkar antijenik indeksi (7-AA kayan pencere) ile monoklonal antikor ve peptit aşı adayı yüzey B-hücre epitoplarını modeller.
Ortalama Esneklik (B-Faktörü): 1.025
Antijenik Epitop Adayı: 0 Bölge
Epitop Potansiyeli: Yüksek Antijenik Yüzey
Protein Sinyal Peptit & Salgılama Bölgesi Tahmin Edici (Sec/SPI)
N-terminal üçlü mimari (pozitif n-bölgesi, hidrofobik h-çekirdeği ve von Heijne -3,-1 SPase I kesim motifi: [AXG].[AXG]) ile proteinin hücre dışına salgılanma durumunu ve kesim bölgesini modeller.
Salgılanma Olasılığı: %89.5
Tahmini Kesim Noktası: AA 21-22 Arası (AXA^X)
Sinyal Peptit Boyutu: 21 AA
Sınıflandırma: Salgılanan Protein (Secretory SP)
İnteraktif Genetik Kod / Kodon Tablosu Arayıcı
İki Nükleotid Dizisini Karşılaştır (Lokal/Global Hizalama)
Eşleşme Oranı (Identity): %0.0
Eşleşen Baz: 0 / 0
Mutasyon/Fark: 0
Renkli Nükleotid Diff Görünümü (Mutasyon Haritası):
Tespit Edilen Mutasyon / Varyant Tablosu (SNP & InDel):
Çoklu Sekans Hizalama (Multiple Sequence Alignment - MSA)
3 veya daha fazla DNA/Protein dizisini (FASTA formatında) korunan konsensüs bölgeleri ve polimorfizmleri saptamak için aşamalı profille hizalar.
Hizalanan Dizi: 3
Konsensüs Oranı: %93.8
Yüzdesel Kimlik & Homoloji Matrisi (Percent Identity Matrix - PIM):
In Silico Mutagenez & Sentetik Dizi Simülatörü
Girdi dizisine rastgele nokta mutasyonları (Transisyon/Transversiyon) ve indeller ekleyerek sentetik mutant kütüphaneleri simüle eder.
Oluşan Mutasyon Sayısı: 0
Orijinal Diziyle Benzerlik: %100
DNA Hasar Tipi & Hücresel Onarım Yolağı (BER, NER, MMR, HR/NHEJ) Analizörü
DNA lezyon tipine (UV timin dimeri, 8-oksoG oksidasyonu, replikasyon eşleşme hatası, alkilasyon veya çift zincir kırığı) göre aktifleşen hücresel onarım mekanizmasını ve enzim komplekslerini modeller.
Birincil Onarım Yolağı: Nükleotid Eksizyon Onarımı (NER)
Kritik Enzim Kompleksi: XPA-XPG & TFIIH
Onarım Hassasiyeti: Hatasız (Error-Free)
PCR Primer Tasarımcısı & Termodinamik Tm Hesaplayıcı
Girilen hedef gen dizisi için 18-22 bp uzunluğunda optimal Forward ve Reverse PCR primer çiftlerini tasarlar.
FORWARD PRIMER (5'→3')
-
REVERSE PRIMER (5'→3')
-
Self-Dimer Eğilimi: Temiz
Firkete (Hairpin) Riski: Düşük
Hetero-Dimer (Cross-Dimer): Uyumlu
Multiplex ΔTm Uyum: Optimal (<2°C)
PCR Termal Döngü Simülatörü (3 Aşamalı Amplifikasyon)
95°C
Denatürasyon
DNA çift zinciri ayrılır (30 sn)
55°C
Bağlanma (Annealing)
Primerler şablona bağlanır (30 sn)
72°C
Uzama (Extension)
Taq Polimeraz sentezi (1 dk/kb)
Mevcut Durum: Beklemede
Teorik Kopya Sayısı: 1 kopya (2⁰)
qPCR Erime Eğrisi (Dissociation Curve - -dF/dT) Analizi
SYBR Green tabanlı gerçek zamanlı PCR amplikonunun özgüllüğü, primer dimer varlığı ve erime tepe noktası (Tm Peak) profilini simüle eder.
DNA Dupleks Termodinamik Kararlılık & Gibbs Serbest Enerjisi (ΔG° / Nearest-Neighbor)
SantaLucia (1998) en yakın komşu (Nearest-Neighbor) dinükleotid parametreleri ve monovalan tuz düzeltmesiyle oligo dupleksinin entalpi (ΔH°), entropi (ΔS°), fizyolojik serbest Gibbs enerjisi (ΔG°₃₇) ve termodinamik Tm değerini hesaplar.
Gibbs Serbest Enerjisi (ΔG°₃₇): -18.4 kcal/mol
Entalpi (ΔH°): -112.5 kcal/mol
Entropi (ΔS°): -303.4 cal/mol·K
Termodinamik Tm: 52.8°C
Sanger Dizileme Elektroferogram / Kromatogram Görselleştiricisi
Kapiler elektroforez ve floresan ddNTP tabanlı 4 renkli Sanger dizileme pik profili (A=Yeşil, C=Mavi, G=Siyah, T=Kırmızı) ve kalite (Phred Q) skorları.
● A (Adenin - Yeşil)
● C (Sitozin - Mavi)
● G (Guanin - Siyah)
● T (Timin - Kırmızı)
Dizileme Kalite Skoru & FASTQ ASCII Kod Çözücü (Phred Q Score)
Sanger veya Yeni Nesil Dizileme (NGS) taban çağırma (base calling) hata olasılığını (P = 10^(-Q/10)), doğruluk yüzdesini ve FASTQ Phred+33 ASCII kalite dizisini analiz eder.
Hata Olasılığı (P): 1 / 1,000 (%0.100)
Çağırma Doğruluğu: %99.900
FASTQ Ort. Kalite: Q34.2
Q30 Oranı: %88.2
Restriksiyon Enzimi Kesim Haritası & Sanal Agaroz Jel Simülatörü
Seçilen restriksiyon endonükleazları (EcoRI, BamHI, HindIII vb.) ile DNA dizinizi sanal olarak kesin ve elektroforez jel bantlarını canlı simüle edin.
Kesim Noktası Sayısı: 0
Oluşan Parça Sayısı: 0
Önerilen Voltaj & Süre: 90V - 45 dk (1x TAE)
Oluşan Parça Boyutları (bp):
SANAL AGAROZ JEL ELEKTROFOREZİ (%1.0 Agaroz)
Kuyu 1: 1 kb Ladder
Kuyu 2: Kesilmemiş Kontrol
Kuyu 3: Enzim Kesimi
Bant Göç Mesafesi ile Boyut Tahmini (Rf - Retardasyon Faktörü)
Jeldeki bir bandın kuyudan olan göç mesafesini (mm) veya oransal Rf değerini girerek standart ladder eğrisinden bilinmeyen DNA/Protein fragmanının boyutunu (bp / kDa) hesaplar.
Hesaplanan Rf Değeri: 0.507
Tahmini DNA Boyutu: ~1,450 bp
Doğruluk Aralığı: ±85 bp (Standart Eğri)
2D Jel Elektroforezi Simülatörü (1. Boyut: IEF pH 3-10, 2. Boyut: SDS-PAGE)
Proteomik araştırmalar için çevrilen proteinin pI ve kDa değerini 1. boyut izoelektrik odaklama (IEF pH 3.0-10.0) ve 2. boyut SDS-PAGE (10-200 kDa) kartezyen koordinatlarında simüle eder.
● Hedef Protein Spotu (Çevrilen Polipeptit)
○ Referans Proteom Spotları (BSA, Aktin, GAPDH, CA, Sitokrom c)
Western Blot / SDS-PAGE Protein Bant Densitometri Analizörü
Yükleme kontrolü (Loading Control: GAPDH / β-Aktin / Tübülin) optik yoğunluğuna göre hedef protein ekspresyonunun nispi kat değişimini normalleştirir.
Normalize Kontrol Oranı: 0.670
Normalize Muamele Oranı: 1.571
Nispi Protein Artışı (Fold Change): 2.34x Kat
SDS-PAGE & Western Blot Örnek Yükleme Tamponu (Laemmli Miksi) Hesaplayıcı
Jel kuyusuna yüklenecek hedef protein miktarına göre (µg), konsantre Laemmli SDS tamponu (4x / 5x / 6x), indirgeyici ajan (β-ME / DTT) ve su tamamlama pipetleme reçetesini hesaplar.
Numune Hacmi: 10.0 µL
Laemmli Tamponu: 3.3 µL
Tamamlayıcı Su (ddH₂O): 6.7 µL
Ko-İmmünopresipitasyon (Co-IP) & Protein A/G Boncuk Hesaplayıcı
Protein-protein etkileşimleri (PPI) ve immünopresipitasyon için hücre lizatı hacmini, Manyetik/Agaroz Protein A/G boncuk miktarını ve elüsyon adımlarını hesaplar.
Lizat Hacmi: 375.0 µL
Boncuk Süspansiyonu: 25.0 µL
Tamamlayıcı Lizis Tamponu: 125.0 µL (Top: 500 µL)
Enzim Kinetiği (Michaelis-Menten & Lineweaver-Burk) Analizörü
Farklı substrat konsantrasyonlarındaki ([S]) başlangıç reaksiyon hızlarına (v₀) göre Michaelis sabiti (K_m), maksimum hız (V_max), devir sayısı (k_cat) ve katalitik verimliliği (k_cat/K_m) hesaplar ve Lineweaver-Burk grafiğini çizer.
Hesaplanan Hız (v₀): 73.5 µmol/dk·mg
Devir Sayısı (k_cat): 208.3 s⁻¹
Katalitik Verimlilik: 5.95 × 10⁶ M⁻¹s⁻¹
Kinetik Durum: Katalitik Mükemmellik Sınırında
Lineweaver-Burk Çift Resiprokal Grafiği (1/v₀ vs 1/[S]):
Restriksiyon Enzim Kataloğu & Klonlama Stratejisi Sihirbazı (Cloning Planner)
Yönlü moleküler klonlama için 5' ve 3' restriksiyon enzim çiftlerini seçin; kesim uçları (Yapışkan / Küt), ısıl inaktivasyon ve çift kesim (Double Digest) tampon uyumunu anında denetleyin.
Strateji Türü: Yönlü Klonlama (Directional)
Uç Uyumluluğu: Uyumlu (Farklı Yapışkan Uçlar)
Önerilen Tampon: rCutSmart / Universal Buffer
Bakteriyel Transformasyon Verimi Hesaplayıcı (CFU / µg DNA)
Yetkin hücreler (Competent E. coli: DH5α, BL21) ve plazmit DNA için kurtarma ve ekim hacimlerine göre transformasyon verimliliğini (CFU/µg) hesaplar.
Transformasyon Verimi (TE): 3.70 × 10⁸ CFU/µg
Yetkinlik Düzeyi: Yüksek Verimli (Klonlama / Ligasyon Düzeyi)
Seri Seyreltme & Koloni Sayımı Hesaplayıcı (Bakteriyel Titre CFU / mL)
10 katlı seri seyreltme basamaklarında (10⁻¹ - 10⁻⁸) sayılan agar koloni sayısına ve ekim hacmine göre orijinal mikrobiyal süspansiyon titresini (CFU/mL) ve istatistiksel geçerlilik aralığını (30-300 koloni) hesaplar.
Orijinal Titre: 1.45 × 10⁸ CFU/mL
Log₁₀ Titresi: 8.16 log₁₀ CFU/mL
Sayım Güvenilirliği: İdeal Sayım Aralığı (30 - 300)
Moleküler Klonlama DNA Ligasyon Oranı Hesaplayıcı (T4 Ligase Mix)
Vektör ve insert boyutlarına göre hedeflenen molar oranda (1:1, 3:1, 5:1) reaksiyona eklenecek DNA kütlelerini (ng) ve T4 Ligaz pipetleme protokolünü hesaplar.
Gereken İnsert DNA: 33.5 ng
Toplam DNA Kütlesi: 83.5 ng
Önerilen İnkübasyon: 16°C Gece Boyu (Overnight)
Dairesel Plazmit DNA Haritası (Plasmid Map Generator)
Laboratuvarda yaygın kullanılan genetik klonlama vektörlerinin promotor, direnç geni (AmpR/KanR), MCS ve replikasyon orijinlerini (Ori) dairesel harita üzerinde interaktif görüntüleyin.
Özellik Seçin
Plazmit halkası üzerindeki renkli gen bölgelerine tıklayarak veya üzerine gelerek konum ve işlev detaylarını inceleyebilirsiniz.
Vektör Boyutu: 2,686 bp
Seçim İşaretçisi: Ampisilin (AmpR)
CRISPR-Cas9 sgRNA Hedef Arayıcı (PAM: NGG Tarayıcı)
Hedef genomik DNA dizisindeki SpCas9 PAM dizilerini (5'-NGG-3') tarar ve 20 nükleotidlik potansiyel kılavuz RNA (sgRNA) hedeflerini listeler.
Tespit Edilen sgRNA Adayı: 0
Hsu-Zhang Modeli ile Off-Target ve Dizi Uyumsuzluk Toleransı
Seçilen 20-nt protospacer ile potansiyel hedef dışı (off-target) dizinin çekirdek/seed bölgesindeki (PAM'e yakın 1-12. bazlar) mutasyon toleransını ve kesim olasılığını hesaplar.
Hsu-Zhang Kesim Skoru: %0.0
Uyumsuzluk (Mismatch) Sayısı: 0
Hedef Dışı Kesim Riski: Düşük
CRISPR-Cas12a (Cpf1: 5'-TTTV-3' PAM) Kılavuz crRNA Arayıcı
AT zengin genomik bölgeler için AsCas12a / LbCas12a PAM dizilerini (5'-TTTV-3', V=A/C/G) tarar; 23-nt protospacer dizilerini ve 5' yapışkan çıkıntılı (staggered overhang) kesim profillerini listeler.
Tespit Edilen Cas12a crRNA Adayı: 0
Kodon Kullanım Eğilimi & Nadir Kodon Analizörü (Codon Usage Bias / CAI)
Rekombinant protein ekspresyonunda seçilen konakçıda (E. coli, Maya, İnsan) translasyonel duraklamaya (translational stalling) yol açabilecek nadir kodonları (rare codons) tespit eder ve Kodon Adaptasyon İndeksi (CAI) skorunu hesaplar.
Kodon Sayısı: 0
Nadir Kodon: 0
CAI Skoru: 0.00
Ekspresyon Durumu: Optimum
Laboratuvar Çözelti & Molarite Hesaplayıcı (Solution Calculator)
İstenen derişim (M, mM, µM) ve hacim (L, mL) için tartılması gereken kimyasal madde kütlesini (g, mg) formülle (m = M × V × Mw) hesaplar.
Gerekli Tartım Miktarı:
0.00 g
Oligo / Primer Seyreltme & Yeniden Süspansiyon (C₁V₁ = C₂V₂)
Liyofilize oligoları 100 µM stok konsantrasyona getirmek veya stoktan 10 µM çalışma çözeltisi hazırlamak için eklenecek TE tamponu veya nükleazsız su miktarını hesaplar.
Önerilen Çözme Prosedürü:
254.0 µL
DNA Kopya Sayısı & Avogadro Kütle-Mol Hesaplayıcı (Copy Number)
DNA kütlesi (ng) ve parça uzunluğuna (bp) göre Avogadro sabitiyle (6.022×10²³) mutlak molekül kopya sayısını, mol miktarını (fmol) ve standart eğri için gereken kütleyi hesaplar.
Mutlak Kopya Sayısı: 1.52 × 10¹⁰ kopya
Molar Miktar: 25.3 fmol
1×10⁶ Kopya İçin Kütle: 0.0033 ng (3.3 pg)
Genetik Varyant & Allel Frekansı Hesaplayıcı (NGS / Sanger VAF)
Yeni nesil dizileme (NGS) veya dijital PCR okumalarında referans ve mutant okuma sayılarına göre Varyant Allel Frekansı (VAF %) ve zigosite durumunu (Heterozigot / Homozigot) hesaplar.
Varyant Allel Frekansı (VAF): %46.0
Tahmini Zigosite: Heterozigot (Germline / Somatik)
Okuma Güvenilirliği: Yüksek Derinlik (>500x)
Genetik Varyant Sınıflandırıcısı (ACMG / AMP 2015 Patojenite Motoru)
Amerikan Tıbbi Genetik Koleji (ACMG/AMP 2015) standart kılavuzuna göre seçilen patojenik (PVS, PS, PM, PP) ve benign (BA, BS, BP) kanıt kodlarını Richards et al. kombinasyon algoritmasıyla puanlar.
Patojenik Kanıtlar (Pathogenic)
Benign Kanıtlar (Benign)
ACMG 2015 Sınıfı: Önemi Belirsiz Varyant (VUS)
Patojenik Puan: 0 PVS, 0 PS, 1 PM, 1 PP
Benign Puan: 0 BA, 0 BS, 0 BP
Trinükleotid Tekrar Genişlemesi & Mikrosatellit Hastalıkları Analizörü
Huntington (CAG), Frajil X (CGG), Friedreich Ataksisi (GAA) ve Miyotonik Distrofi (CTG) lokuslarındaki tekrar kopya sayısına göre penetrans, premutasyon ve klinik patoloji durumunu sınıflandırır.
Tekrar Boyutu: 132 bp
Klinik Penetrans: Tam Penetrans (Patojenik)
Kalıtım Durumu: Gelecek Nesle Aktarımda Kararsız
Genomik Splice Bölgesi & Kriptik Ekson-İntron Sınır Tarayıcısı
Pre-mRNA ve genomik DNA dizilerinde 5' Donör (GT konsensüsü: [CA]AG|GT[AG]AGT) ve 3' Akseptör (AG konsensüsü: [CT]ₙNCAG|G) uçbirleştirme sınırlarını ve kriptik splice mutasyon riskini analiz eder.
5' Donör Sinyalleri (GT): 0
3' Akseptör Sinyalleri (AG): 0
Splice Sinyal Durumu: Kanonik Sınırlar Mevcut
Santrifüj Hız & Yerçekimi İvmesi Dönüştürücü (RPM ↔ RCF / g)
Rotor yarıçapı (r cm) üzerinden santrifüj devir hızı (RPM) ile bağıl merkezkaç kuvveti (RCF × g) arasında iki yönlü kesin dönüşüm yapar (RCF = 1.118 × 10⁻⁵ × r × RPM²).
RCF Değeri: 16,063 × g
Protokol Eşdeğeri: Hücre Lizatı / Pelet Çökeltme
Biyobank & Derin Dondurucu (-80°C / LN2) Örnek Matrisi (9×9 Cryobox)
9x9 (81 yuvalı) standart kriyojenik kutu matrisi üzerinde örneklerin yerleşimini (A1-I9), hücre hatlarını ve doluluk oranını canlı izleyin.
Slot Detayı: A1
Örnek: p53-WT Hücre Hattı (HeLa)
Nanodrop Spektrofotometre Konsantrasyon & Saflık Analizörü (A₂₆₀ / A₂₈₀ & A₂₆₀ / A₂₃₀)
UV-Vis absorbans değerlerine göre nükleik asit derişimini (ng/µL) ve protein (A₂₆₀/A₂₈₀) ile tuz/fenol (A₂₆₀/A₂₃₀) saflık oranlarını Beer-Lambert formülüyle analiz eder.
Konsantrasyon: 92.5 ng/µL
A₂₆₀ / A₂₈₀ Oranı: 1.85 (Saf)
A₂₆₀ / A₂₃₀ Oranı: 2.10 (Temiz)
Hücre & Bakteri Büyüme Kinetiği (İkiye Katlanma Süresi - Doubling Time)
İki farklı zaman noktasındaki optik yoğunluk (OD₆₀₀) veya hücre sayısı ölçümlerine göre üssel büyüme hızı katsayısını (μ) ve populasyonun ikiye katlanma süresini (t_d) hesaplar.
İkiye Katlanma Süresi (t_d): 1.31 saat (78.8 dk)
Büyüme Hızı Katsayısı (μ): 0.527 sa⁻¹
Biyolojik Eşdeğer: Hızlı Bakteriyel Log Fazı
Akım Sitometrisi (FACS / Flow Cytometry) Spektral Örtüşme & Kompansasyon Matrisi
Çok renkli immünofenotipleme panellerinde florokromların (FITC, PE, PerCP, APC, BV421) dedektör filtrelerindeki emisyon yayılmasını (Spillover) ve gerekli kompansasyon çıkarım yüzdesini hesaplar.
Kanal Taşması (Spillover %): %18.5
Önerilen Kompansasyon: -%18.5 FL2 - %FL1
Panel Uyumluluğu: Standart Kompansasyon Gerekli
Kriyoprotektan & Hücre Dondurma Medyumu Hesaplayıcı (DMSO / FBS Freezing Media)
Memeli hücre hatlarının -196°C sıvı azot arşivlenmesinde buz kristali hasarını önlemek için DMSO kriyoprotektan ve FBS oranlarına göre dondurma medyumu pipetleme hacimlerini hesaplar.
Toplam Medyum: 5.0 mL
DMSO (%10): 0.50 mL
FBS: 4.50 mL
Bazal Besiyeri: 0.00 mL
Hücre Kültürü DNA Transfeksiyon Miks Hesaplayıcı (Lipofectamine / PEI)
Memeli hücre kültüründe plaka formatına (6-well, 24-well, 10 cm petri) ve kuyu sayısına göre plazmit DNA, transfeksiyon reaktifi (Lipofectamine / PEI) ve Opti-MEM kompleksleşme hacimlerini hesaplar.
Toplam DNA: 7.5 µg (15.0 µL)
Transfeksiyon Reaktifi: 22.5 µL
Opti-MEM Hacmi: 750 µL (2x 375 µL)
Laboratuvar Biyogüvenlik (BSL-1/2) & Kimyasal Atık Bertaraf Matrisi
Moleküler biyoloji laboratuvarında çalışılan tehlikeli kimyasallar ve organizmalar için piktogramlar, uygun kişisel koruyucu donanım (KKD) ve atık ayrıştırma yönergeleri.
Genomik CpG Adaları & GC Kayması (GC Skew) Analizörü
Genomik promotör ve transkripsiyon başlangıç bölgelerini saptamak için Gardiner-Frommer kriterleriyle (Obs/Exp > 0.6, GC > 50%) CpG adalarını ve replikasyon yönü GC kaymasını ((G-C)/(G+C)) haritalar.
CpG Dinükleotid Sayısı: 0
Gözlenen/Beklenen (Obs/Exp): 0.00
Ortalama GC Skew: 0.000
CpG Adası Durumu: Saptanmadı
Kayan Pencere GC Skew Profili ((G-C)/(G+C)):
Genomik GC/AT İzokor & DNA Yoğunluk Analizörü (Bernardi & CsCl Yoğunluğu)
Bernardi genomik izokor sınıflarına (L1, L2, H1, H2, H3) ve Schildkraut CsCl (Sezyum klorür) kaldırma yoğunluğuna (ρ = 1.660 + 0.098×GC g/cm³) göre DNA segmentinin kromatin yapısını ve gen yoğunluğunu modeller.
GC İçeriği: %62.5
İzokor Ailesi: H3 İzokoru (En Zengin)
CsCl Kaldırma Yoğunluğu: 1.721 g/cm³
Gen Yoğunluğu: Çok Yüksek
Genomik GC İçeriği & Erime Sıcaklığı (Tm) Kayan Pencere Profili
20 bp kayan pencere (sliding window) ile nükleotid dizisi boyunca yerel GC yüzdesi dalgalanmalarını ve termal DNA erime profili (Tm °C) vadilerini Canvas üzerinde haritalar.
Maksimum GC: %0.0
Minimum GC: %0.0
Tepe Erime Sıcaklığı: 0.0°C
TSS Açık Kompleks Eğilimi: Dengeli Kararlılık
● Lokal GC İçeriği (%)
● Marmur-Doty Erime Sıcaklığı (Tm °C)
Açık Okuma Çerçevesi (ORF Finder - 6 Çerçeveli Analiz)
DNA dizisinde sense (+1, +2, +3) ve antisense (-1, -2, -3) zincirlerindeki ATG başlangıç ve STOP (TAA/TAG/TGA) kodonları arasındaki potansiyel kodlayan peptit bölgelerini haritalar.
Tespit Edilen ORF Sayısı: 0
qPCR Bağıl Gen İfadesi Analizörü (Livak 2^-ΔΔCt Yöntemi)
Referans/housekeeping geni (GAPDH, ACTB) ve hedef gen için kontrol vs muamele gruplarının Ct döngü eşik değerlerini kıyaslayarak bağıl ekspresyon kat değişimini hesaplar.
ΔΔCt Değeri: 0.00
Bağıl Kat Değişimi (Fold Change 2^-ΔΔCt): 1.00x
Düzenlenme Durumu: Değişim Yok
qPCR Mutlak Kopya Sayısı & Standart Eğri Analizörü (Absolute Quantification)
Seri seyreltme standart eğrisi (C_T = m × log₁₀(Kopya) + b) üzerinden PCR amplifikasyon verimini (E %) ve bilinmeyen numunenin mutlak hedef gen/viral yük kopya sayısını hesaplar.
Amplifikasyon Verimi (E %): %100.0
Konsantrasyon: 7.01 × 10⁴ kopya/µL
Toplam Reaksiyon Yükü: 3.51 × 10⁵ kopya
RNA İkincil Yapı & Firkete Katlanma Analizörü (Stem-Loop / ΔG)
Zuker & Nussinov termodinamik serbest enerji prensibiyle RNA molekülündeki eşleşen gövde (stem) ve ilmek (loop) ikincil yapılarını ve minimum serbest enerjiyi (ΔG kcal/mol) hesaplar.
Tahmini Minimum Serbest Enerji (ΔG): -4.2 kcal/mol
Termodinamik Kararlılık: Kararlı Firkete (Stable Hairpin)
Baz Eşleşme Oranı: 6 bp
Dot-Bracket Notasyonu & Dizi:
Genetik Soyağacı & Kalıtım Deseni Simülatörü (Pedigree Tree)
Mendelyen kalıtım modellerine göre 3 kuşaklık aile soyağacını (Pedigree), etkilenen/sağlıklı/taşıyıcı bireyleri ve risk oranlarını interaktif SVG üzerinde görselleştirir.
□ Sağlıklı Erkek
■ Etkilenen Erkek
○ Sağlıklı Dişi
● Etkilenen Dişi
◐ Taşıyıcı Dişi
Hardy-Weinberg Dengesi & Popülasyon Genetiği Test Edici (HWE χ² Testi)
Popülasyonda gözlenen genotip sayılarına (AA, Aa, aa) göre alel frekanslarını (p, q), beklenen genotip frekanslarını (p², 2pq, q²), inbreeding katsayısını (F) ve Pearson ki-kare (χ²) uyum iyiliği p-değerini hesaplar.
Alel Frekansları: p(A)=0.700, q(a)=0.300
Ki-Kare (χ² / df=1): 0.000
P-Değeri: p = 1.000
Denge Durumu: Hardy-Weinberg Dengesindedir
Genetik Çeşitlilik & Polimorfizm Bilgi İçeriği Hesaplayıcı (PIC / He)
Mikrosatellit (STR/SSR), SNP veya RFLP moleküler markörleri için alel frekanslarına göre Botstein et al. Polimorfizm Bilgi İçeriği (PIC), beklenen heterozigotluk (He) ve etkili alel sayısını (Ne) hesaplar.
PIC Değeri: 0.635
Beklenen Heterozigotluk (He): 0.685
Etkili Alel Sayısı (Ne): 3.17
Markör Bilgilendiricilik: Yüksek Derecede Bilgilendirici (PIC > 0.50)
Genetik Bağlantı Dengesizliği Analizörü (Linkage Disequilibrium - D, D', r²)
İki çift-alelli genetik lokus (Lokus 1: A/a, Lokus 2: B/b) arasındaki gamet/haplotip frekanslarına göre ham bağlantı dengesizliğini (D), normalize Lewontin D' katsayısını ve Pearson r² korelasyonunu hesaplar.
Ham D Katsayısı: 0.150
Lewontin D' (|D|/D_max): 0.600
Korelasyon (r²): 0.360
Bağlantı Derecesi: Orta Düzeyde Bağlantı
ARAŞTIRMA FELSEFESİDEĞERLERİMİZ
Birlikte Araştır
Disiplinler arası yaklaşımla genetik, biyokimya ve veri bilimini birleştiriyoruz.
Bilgiyi Paylaş
Açık bilim prensipleriyle tüm bulgularımızı insanlığın ve akademik dünyanın yararına sunuyoruz.