MOLEKÜLER BİYOLOJİ & GENETİK

Yaşamın kodunu
anlamak, geleceği
yeniden düşünmek.

Hücrelerin ve genlerin anlattığı hikâyeleri araştırıyoruz. Her keşif, daha iyi sorular sormak için yeni bir başlangıç.

Araştırmalarımızı keşfet ↗Laboratuvarımız hakkında ↗

MERAKTAN KEŞFE, BİLİMDEN YAŞAMA

FIG. 01MOLECULAR FORM

GENETIC MATERIAL MOLEKÜLER BİYOLOJİ

01 / 04

BİLİMİN YENİ OLASILIKLARI

ÖNE ÇIKAN ÇALIŞMALARGÜNCEL ARAŞTIRMALAR

Laboratuvarımızdan son bulgular

Tüm çalışmaları gör ↗

BİYOMOLEKÜLER YAPIİNTERAKTİF GÖRÜNTÜLEYİCİ

Döndürmek için sürükleyin · Yakınlaştırmak için tekerleği kullanın

Örnek Model Seçin:

veya PDB ID Girin (RCSB Canlı):

3D Görselleştirme Modu:

B-DNA Çift Sarmalı

Standart Watson-Crick B-form çift sarmal yapısı; genetik bilginin hücresel depolanmasını sağlayan temel nükleik asit organizasyonu.

FORMB-DNA

ÇAP~2.0 nm

EKSENSağ El Sarmal

BİYOİNFORMATİK ARAÇLARDİZİ VE GC ANALİZİ

DNA / RNA Nükleotid Analizörü

Herhangi bir nükleotid dizisi girin, FASTA (.fasta) dosyası yükleyin veya doğrudan NCBI veritabanından gen sekansı çekin; uzunluk, GC/AT oranı, ters tamamlayıcı ve transkripsiyonu anında hesaplayın.

📂 FASTA Yükle

Hızlı İşlemler:

Dizi Uzunluğu 0 bp

GC İçeriği %0.0

AT İçeriği %0.0

Tahmini Tm (°C) 0 °C

Ters Tamamlayıcı (Reverse Complement 5'→3'): -

mRNA Transkripti (5'→3'): -

Öngörülen Protein / Amino Asit Dizisi (Peptit Translasyonu): -

İzoelektrik Nokta (pI) 0.00

Net Yük (@ pH 7.4) 0.0

Protein Kütlesi (Mw) 0.0 kDa

GRAVY (Hidrofobiklik) 0.00

İnteraktif Genetik Kod / Kodon Tablosu Arayıcı

İki Nükleotid Dizisini Karşılaştır (Lokal/Global Hizalama)

Referans Dizi (Dizi 1): Sorgu Dizi (Dizi 2):

Eşleşme Oranı (Identity): %0.0 Eşleşen Baz: 0 / 0 Mutasyon/Fark: 0

Renkli Nükleotid Diff Görünümü (Mutasyon Haritası):

Tespit Edilen Mutasyon / Varyant Tablosu (SNP & InDel):

Çoklu Sekans Hizalama (Multiple Sequence Alignment - MSA)

3 veya daha fazla DNA/Protein dizisini (FASTA formatında) korunan konsensüs bölgeleri ve polimorfizmleri saptamak için aşamalı profille hizalar.

Hizalanan Dizi: 3 Konsensüs Oranı: %93.8

In Silico Mutagenez & Sentetik Dizi Simülatörü

Girdi dizisine rastgele nokta mutasyonları (Transisyon/Transversiyon) ve indeller ekleyerek sentetik mutant kütüphaneleri simüle eder.

Mutasyon Oranı (%): Hedef Dizi Uzunluğu:

Oluşan Mutasyon Sayısı: 0 Orijinal Diziyle Benzerlik: %100

PCR Primer Tasarımcısı & Termodinamik Tm Hesaplayıcı

Girilen hedef gen dizisi için 18-22 bp uzunluğunda optimal Forward ve Reverse PCR primer çiftlerini tasarlar.

Hedef DNA Şablonu (5'→3'):

PCR Termal Döngü Simülatörü (3 Aşamalı Amplifikasyon)

95°C Denatürasyon

DNA çift zinciri ayrılır (30 sn)

55°C Bağlanma (Annealing)

Primerler şablona bağlanır (30 sn)

72°C Uzama (Extension)

Taq Polimeraz sentezi (1 dk/kb)

Mevcut Durum: Beklemede Teorik Kopya Sayısı: 1 kopya (2⁰)

qPCR Erime Eğrisi (Dissociation Curve - -dF/dT) Analizi

SYBR Green tabanlı gerçek zamanlı PCR amplikonunun özgüllüğü, primer dimer varlığı ve erime tepe noktası (Tm Peak) profilini simüle eder.

Amplikon Tepe Tm: 84.5°C (Spesifik Tek Pik) Primer Dimer: Saptanmadı (Temiz)

Sanger Dizileme Elektroferogram / Kromatogram Görselleştiricisi

Kapiler elektroforez ve floresan ddNTP tabanlı 4 renkli Sanger dizileme pik profili (A=Yeşil, C=Mavi, G=Siyah, T=Kırmızı) ve kalite (Phred Q) skorları.

● A (Adenin - Yeşil) ● C (Sitozin - Mavi) ● G (Guanin - Siyah) ● T (Timin - Kırmızı)

Restriksiyon Enzimi Kesim Haritası & Sanal Agaroz Jel Simülatörü

Seçilen restriksiyon endonükleazları (EcoRI, BamHI, HindIII vb.) ile DNA dizinizi sanal olarak kesin ve elektroforez jel bantlarını canlı simüle edin.

Kullanılacak Enzim: Agaroz Jel Konsantrasyonu (% w/v): Hedef Plazmit / DNA Dizisi:

Bant Göç Mesafesi ile Boyut Tahmini (Rf - Retardasyon Faktörü)

Jeldeki bir bandın kuyudan olan göç mesafesini (mm) veya oransal Rf değerini girerek standart ladder eğrisinden bilinmeyen DNA/Protein fragmanının boyutunu (bp / kDa) hesaplar.

Ölçülen Bant Göç Mesafesi (mm): Jel Boya Cephesi Mesafesi (Dye Front - mm):

Western Blot / SDS-PAGE Protein Bant Densitometri Analizörü

Yükleme kontrolü (Loading Control: GAPDH / β-Aktin / Tübülin) optik yoğunluğuna göre hedef protein ekspresyonunun nispi kat değişimini normalleştirir.

Kontrol - Hedef Protein Yoğunluğu (AU): Kontrol - Yükleme Kontrolü (GAPDH / Aktin): Muamele - Hedef Protein Yoğunluğu (AU): Muamele - Yükleme Kontrolü (GAPDH / Aktin):

Restriksiyon Enzim Kataloğu & Klonlama Stratejisi Sihirbazı (Cloning Planner)

Yönlü moleküler klonlama için 5' ve 3' restriksiyon enzim çiftlerini seçin; kesim uçları (Yapışkan / Küt), ısıl inaktivasyon ve çift kesim (Double Digest) tampon uyumunu anında denetleyin.

5' Klonlama Enzimi: 3' Klonlama Enzimi:

Dairesel Plazmit DNA Haritası (Plasmid Map Generator)

Vektör Şablonu:

Laboratuvarda yaygın kullanılan genetik klonlama vektörlerinin promotor, direnç geni (AmpR/KanR), MCS ve replikasyon orijinlerini (Ori) dairesel harita üzerinde interaktif görüntüleyin.

Özellik Seçin

Plazmit halkası üzerindeki renkli gen bölgelerine tıklayarak veya üzerine gelerek konum ve işlev detaylarını inceleyebilirsiniz.

Vektör Boyutu: 2,686 bp

Seçim İşaretçisi: Ampisilin (AmpR)

CRISPR-Cas9 sgRNA Hedef Arayıcı (PAM: NGG Tarayıcı)

Hedef genomik DNA dizisindeki SpCas9 PAM dizilerini (5'-NGG-3') tarar ve 20 nükleotidlik potansiyel kılavuz RNA (sgRNA) hedeflerini listeler.

Hedef Gen Dizisi (Sense veya Antisense):

Hsu-Zhang Modeli ile Off-Target ve Dizi Uyumsuzluk Toleransı

Seçilen 20-nt protospacer ile potansiyel hedef dışı (off-target) dizinin çekirdek/seed bölgesindeki (PAM'e yakın 1-12. bazlar) mutasyon toleransını ve kesim olasılığını hesaplar.

Orijinal sgRNA (20-nt): Hedef Dışı Genom Bölgesi (20-nt):

Laboratuvar Çözelti & Molarite Hesaplayıcı (Solution Calculator)

İstenen derişim (M, mM, µM) ve hacim (L, mL) için tartılması gereken kimyasal madde kütlesini (g, mg) formülle (m = M × V × Mw) hesaplar.

Moleküler Ağırlık (Mw - g/mol): Hedef Derişim:

Hedef Hacim:

Oligo / Primer Seyreltme & Yeniden Süspansiyon (C₁V₁ = C₂V₂)

Liyofilize oligoları 100 µM stok konsantrasyona getirmek veya stoktan 10 µM çalışma çözeltisi hazırlamak için eklenecek TE tamponu veya nükleazsız su miktarını hesaplar.

Liyofilize Oligo Miktarı (nmol): Hedef Stok Konsantrasyon (µM): Çalışma Seyreltmesi İstenen Hacim (V₂ - µL):

Genetik Varyant & Allel Frekansı Hesaplayıcı (NGS / Sanger VAF)

Yeni nesil dizileme (NGS) veya dijital PCR okumalarında referans ve mutant okuma sayılarına göre Varyant Allel Frekansı (VAF %) ve zigosite durumunu (Heterozigot / Homozigot) hesaplar.

Referans Okuma Sayısı (Ref Depth): Mutant / Alternatif Okuma Sayısı (Alt Depth): Toplam Kapsama (Total Depth):

Genomik CpG Adaları & GC Kayması (GC Skew) Analizörü

Genomik promotör ve transkripsiyon başlangıç bölgelerini saptamak için Gardiner-Frommer kriterleriyle (Obs/Exp > 0.6, GC > 50%) CpG adalarını ve replikasyon yönü GC kaymasını ((G-C)/(G+C)) haritalar.

Hedef Promotor / Genomik Sekans (5'→3'):

Açık Okuma Çerçevesi (ORF Finder - 6 Çerçeveli Analiz)

DNA dizisinde sense (+1, +2, +3) ve antisense (-1, -2, -3) zincirlerindeki ATG başlangıç ve STOP (TAA/TAG/TGA) kodonları arasındaki potansiyel kodlayan peptit bölgelerini haritalar.

Minimum Kodon Boyutu: Başlangıç Kodonu:

qPCR Bağıl Gen İfadesi Analizörü (Livak 2^-ΔΔCt Yöntemi)

Referans/housekeeping geni (GAPDH, ACTB) ve hedef gen için kontrol vs muamele gruplarının Ct döngü eşik değerlerini kıyaslayarak bağıl ekspresyon kat değişimini hesaplar.

Kontrol - Hedef Gen Ct: Kontrol - Referans Gen Ct: Muamele - Hedef Gen Ct: Muamele - Referans Gen Ct:

RNA İkincil Yapı & Firkete Katlanma Analizörü (Stem-Loop / ΔG)

Zuker & Nussinov termodinamik serbest enerji prensibiyle RNA molekülündeki eşleşen gövde (stem) ve ilmek (loop) ikincil yapılarını ve minimum serbest enerjiyi (ΔG kcal/mol) hesaplar.

Hedef RNA Dizisi (5'→3'):

Genetik Soyağacı & Kalıtım Deseni Simülatörü (Pedigree Tree)

Mendelyen kalıtım modellerine göre 3 kuşaklık aile soyağacını (Pedigree), etkilenen/sağlıklı/taşıyıcı bireyleri ve risk oranlarını interaktif SVG üzerinde görselleştirir.

□ Sağlıklı Erkek ■ Etkilenen Erkek ○ Sağlıklı Dişi ● Etkilenen Dişi ◐ Taşıyıcı Dişi

ARAŞTIRMA FELSEFESİDEĞERLERİMİZ

⌬

Merakla Sor

Hücrelerin moleküler mekanizmalarını derinlemesine inceleyerek çözülmemiş biyolojik sırları keşfediyoruz.

⟲

Birlikte Araştır

Disiplinler arası yaklaşımla genetik, biyokimya ve veri bilimini birleştiriyoruz.

✳

Bilgiyi Paylaş

Açık bilim prensipleriyle tüm bulgularımızı insanlığın ve akademik dünyanın yararına sunuyoruz.

Yaşamın kodunuanlamak, geleceğiyeniden düşünmek.